Fatih İlçesi Zeyrek Semtinde Atatürk Bulvarı İbadethane Sokağı’nda ve Haliç’e hâkim bir yamaç üzerinde inşa edilen Zeyrek Camii, kiliseden camiye çevrilen mabetlerimizdendir. 

Orta Bizans Dönemi’nin sonlarında yapıldığı bilinen Pantokrator Manastırı kiliselerinden olan yapının yapımına; II. İoannes Komnenos’un ilk eşi Macar Kralı Laszlo’nun kızı Eirene tarafından başlanmıştır. Latin işgalinde zarar görmüş ve kiliseye Katolik rahipler tarafından el konulmuştur. Pantokrator Manastırı İstanbul’un fethinden sonra Fatih Külliyesi Medreseleri yapılana kadar medrese olarak kullanılmış, cami zeyrek ismini; medresenin müderrisi olan Molla Zeyrek Mehmed Efendi’den almıştır. Zeyrek Camii, 18 yy.da büyük bir onarımdan geçirilmiş ve bu onarım esnasında dönemin mimari anlayışıyla paralel olarak, barok kesitler öne plana çıkmıştır. 1950’li yıllara doğru yine harap duruma düşen yapı, 1966 yılında Vakıflar idaresi tarafından restore edilmiş, bu restorasyon sırasında çürüyen ahşap döşeme kaldırılınca, süslemeli zemin işlemeleri meydana çıkmıştır. Ayrıca, Kariye Camisi’nin minberi de buraya taşınarak namaz mekânı meydana getirilmiştir. Pantokrator Manastırı’ndan görünür bir iz ve kalıntı yoktur. Ama caminin çevresinde daha önceleri manastırın altında olduğu anlaşılan değişik ölçülerde sarnıçlar mevcuttur.

Bizans zamanında Manastırın Kilisesi olan bugünkü Zeyrek Camii; üç yapıdan müteşekkil kompleksin, ilk bölümünün güneyindeki yapı olduğu tahmin edilmektedir. Tek şerefeli tek minaresi olan Zeyrek Camii, tuğla ile örülmüş ve toplam beş kubbe ile tavan örtü sistemi meydana getirilmiştir.

Günümüzde pekiyi durumda olmayan yüzyılların tanığı yapı, ziyaretçilerini tarihsel bir zaman yolculuğuna çıkarmaya devam etmektedir.