Külliye, Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Mihrimah Sultan tarafından, biri Edirnekapı olmak üzere, aynı adla inşa edilen iki Külliye’den biri olma özelliğini taşımaktadır. Üsküdar iskelesinin karşısında yer alan tarihi külliye, 1548 yılında inşa edilmiştir.  Şehzade Camisi’yle aynı zamanda Sinan tarafından bina edilen mekânın ana öğeleri; cami, medrese, mektep,  Sinaneddin Yusuf ve Sadrazam İbrahim Ethem Paşa Türbesi’dir.

Cami

Caminin kubbesi on metre çapındadır. Tek şerefeli iki minaresi, mukarnaslı mihrabı ve mermerden  minberi klasik mimarinin en güçlü biçimlerini yansıtır. Cami Anadolu yakasındaki mimarinin önde gelen ve geçmişin izlerini taşıyan sayılı eserden biridir. Son cemaat bölümünü dolanan revakla ayrı bir estetik görünüme kavuşan yapının denize bakan tarafında, yirmi köşeli mermer bir şadırvan bulunur.

Diğer Yapılar

Külliyenin diğer bölümlerinin birçoğu günümüze ulaşamamıştır. Külliyenin On altı odadan oluşan ve günümüzde sağlık merkezi olarak kullanılan medresesi; Mihrimah Sultan’ın iki oğluna,  Rüstem Paşa’nın oğlu Osman Ağa’ya ve Kaptan-ı Derya Sinan Paşa’ya ait türbeler günümüze ulaşan yapılardır. Günümüze ulaşan külliye içindeki bir diğer yapıysa Sıbyan Mektebi’dir. Sıbyan Mektebi kubbeli bir sundurmadan ve bir dershaneden müteşekkildir. Tabhane 1772 yılındaki yangından sonra yok olmuş, Külliye Hanı’nın ve İmareti’nin kalıntıları tamamıyla silinmiştir.