Kanuni Sultan Süleyman’ın kızı Mihrimam Sultan’la evli olan, meşhur Osmanlı Sadrazamlarında Hırvat asıllı Rüstem Paşa tarafından, 1561 yılında Mimar Sinan’a yaptırılan cami, dönemin ve Sinan’ın sadeliğinden uzaktır. Camiyi bu sadelikten uzaklaştıran dekoratif öğelerse hiç kuşkusuz İznik çinileridir.

Eminönü’nde Uzun Çarşı’nın sahil yoluna indiği yokuşta yükselen tarihi mekân, konum itibarıyla çok kalabalık bir yerleşimin ortasında kalmıştır. Cami, Hacı Halil Mescidi yerine 40x40 zemin üzerine inşa edilmiştir. Tavan örtüsü; 15.50 çapındaki orta kubbeyle ve bu orta kubbeyi destekleyen daha ufak çapta yarım ve tam kubbelerle biçimlendirilmiştir.

Rüstem Paşa Camisi 1660 yılındaki yangında hasara uğramış ve 1766 yılında yaşanan büyük deprem sonrasındaysa, caminin minaresi ve kubbesi yıkılmıştır. II. Mustafa zamanında onarımdan geçirilen tarihi mekânın, yıkılan kubbe ve minaresinin bu onarım sonrası Sinan dokusundan uzaklaştığı görülür.

Mihrimah Sultan Camisi’nde olduğu gibi Rüstem Paşa Camisi’nde de kitabe bulunmamaktadır. Caminin sekizgen şadırvanı cadde üzerinde bir avlu içinde yer alır. Camiyi üç yönde dolanan yüksek avlusunu bir revak çevirmektedir.

Tarihi yarımadanın siluetine kondurulmuş caminin iç tasarımında kullanılan İznik çinileri, tarihi mekânın ziyaretçilerini büyük bir tablonun küçük imgelerine dönüştürmeyi başarmıştır.