Fatih’te Fevzi Paşa Caddesi üzerinde bulunan ve geniş bir alan üzerine yayılan kompleks; Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u fethinden sonra İstanbul’da inşa edilmiş ilk külliyedir. Cami, medrese, darüşşifa, hamam, çarşı, kütüphane ve türbelerin de içinde olduğu büyük bir külliye olma vasfını taşıyan mekân, 1463–1470 yılları arasında ilk inşa edildiği zamanki özgün biçimini büyük ölçüde yitirmiştir.

Mimar Atik Sinan’ın eseri olan külliyenin yerinde, Bizans zamanında Havariyun adlı bir kilise bulunduğu ve külliyenin de bu kilisenin harabesi üzerine bina edildiği bilinmektedir. Ayrıca; külliyenin mimari çizgilerine bakıldığında Bizans mimarisinden uzak olduğu ve Türk mimari geleneğinin gelişmiş bir örneği olduğu dikkat çekmektedir.

Külliyenin ana elemanı olan cami; 1509, 1557, 1754 meydana gelen depremler sonrası büyük hasar görmüş ve her seferinde tekrardan ihya edilmiştir. Ama 1766 yılında gerçekleşen depremden sonra yapının ana kubbesinin çökmesi ve duvarlarının büyük zarar görmesi üzerine; günümüzdeki cami, 1767 yılında III Mustafa’nın emri ile Mimar Mehmed Tahir Ağa’ya inşa ettirilmiştir. Cami inşa edilirken yıkılan caminin mimari özelliklerine sadık kalınmamış,  dönemin mimari üslubunun klasik üslupla harmanlanması sonucu günümüzdeki yapı meydana gelmiştir. 19 yy.a kadar tek şerefeye sahip iki minaresi olan caminin minarelerine bu yüzyılda birer şerefe eklenmiş ve minareler yükseltilmiştir. Camiye 22 kubbesi olan revaklı iç avludan girilir. Caminin 26 m çapındaki ana kubbesi dört fil ayağı üzerine oturtulmuş, ana kubbeyi destekleyen yarım ve tam kubbelerle tavan örtüsü meydana getirilmiştir. Caminin bezemelerinde ise barok tarzının etkileri görülür.

Fatih Külliyesi’nin önemli elemanlarından biri olan medreseleri, 1470 yılında tamamlanmıştır. Medreseler dönemin ilim adamlarını ağırlamış ve çeşitli dallarda eğitim vermiştir. 1766 yılında meydana gelen depremde büyük ölçüde hasar gören medreselerden günümüze, külliyenin sekiz büyük medresesi kalmıştır. Günümüzde farklı amaçlar için kullanılan medreseler, 1955 yılında Vakıflar İdaresi tarafından restore edilmiştir.

Külliye yapıları arasında yer alan kütüphane binası günümüze ulaşamamıştır. Günümüzdeki mevcut kütüphane binası 1742 yılında bina edilmiş ve eski kütüphaneden kalan derme buraya nakledilmiştir. 1956 yılına gelindiğinde, mevcut kütüphanede bulunan tarihi yazma eserler Süleymaniye Kütüphanesi’ne taşınmıştır. Kütüphanenin yıpranmış mimari dokusu ise son yıllarda yenilenmektedir.

Fatih Sultan Mehmed’e, hanımı Gülbahar Hatun’a ve Sultan II. Mahmut’un annesi Nakşidil Sultan’a ait külliye türbeleri, geçekleşen depremlerden etkilenmiş ve özgün biçimlerinin yitirmiştir. Külliye haziresinde ise içinde ünlü simalarında bulunduğu pek çok kişi medfundur. Külliye kervansarayı 1980’li yıllarda restore edilmiş ve Vakıflar İdaresi tarafından yapıya eklenen yeni dükkânlarla birlikte iş yerlerine tahsis edilmiştir.

Osmanlı kültürünün İstanbul üzerindeki etkisini artıran bu kültür ve ibadet mekânının tabhanesi, hamamı ve çarşısı; külliyenin günümüze ulaşamamış diğer yapılarıdır.