Мечеть Зейрек, которая также ранее являлась церковью, находится на склоне залива Халич на улице Ибадетхане проспекта Ататюрк в окресностях Зейрек района Фатих.

Строительство здания, принадлежащего к церковным строениям Монастыря Пантократор конца Византийской эпохи, было начато по приказу первой супруги императора Иоанна Комненоса II, дочери венгерского царя Ласло Ириной. Во время латинского завоевания церковь была частично разрушена, а затем захвачена католиками монахами. После завоевания Стамбула оттоманами до сооружения медресе архитектурного ансамбля Фатих монастырь Пантократор использовался в качестве медресе. Название мечети Зейрек берет свое начало от Моллы Зейрек Мехмет Эфенди, который в то время являлся преподавателем медресе. В 18 веке мечеть Зейрек была основательно отреставрирована. Во время реставрации параллельно с архитектурными традициями того времени были использованы элементы стиля барокко. В 1950 гг. здание мечети опять пришло в непригодное состояние, а в 1966 г. было отреставрировано Управлением Вакфов. Во время реставрационных работ, после удаления  сгнившего деревянного настила был обнаружен украшенный орнаментными плитами пол. Кроме того, с целью создания места для богослужений сюда был перенесен минбер мечети Карие. От монастыря Пантократор не осталось никаких видимых признаков. На сегодняшний день вокруг мечети находятся водные цистерны различных размеров, которые в свое время находились под монастырем.

Предпологается, что бывшая церковь монастыря Пантократор времен Византийской империи, а в настоящем мечеть Зейрек, состояла из трех построек, первой из которых являлось сооружение, расположенное в южном части мечети. Здание мечети Зейрек с единственным минаретом с одним шерефе сложено из кирпича и покрыто пятью куполами.

В настоящее время исторический памятник, который является свидетелем многих столетий, находится в нелучшем состоянии, но продолжает служить посетителям в их путешествии в прошлое.