В начале 16 столетия, в годы правления султана Мурада III, Румели Бейлербейи (наместник греческого происхождения) Мехмед Паша соорудил здесь большой особняк на берегу моря. Так и сохранилось это название за дворцом и прибрежным районом. Позднее на присоединенной к владениям султана территории, в первой четверти 19 в. по приказу султана Махмуда II был сооружен деревянный дворец, который был разрушен впоследствие пожара. По приказу султана Абдулазиза, на месте разрушенного от пожара дворца архитектором Саркисом Бальяном и его братом был возведен новый дворец. Дворец Бейлербейи, строительство которого было завершено в 1865 г., служил летней резиденцией султана. Помимо того, здесь принимались почетные иностранные гости.

Сад дворца был украшен деревьями, статуями и бассейнами. Во дворце находится зал с бассейном, селамлык (мужская половина), гарем и кабинет адмирала. Кроме того комната валиде султан (матери султана), столовая, приемная и голубой зал являются местами для обязательного посещения. Дворец Бейлербейи состоит из 26 комнат и 6 залов. Говорят, что расположенные в саду Мраморный особняк и Желтый особняк были построены султаном Махмудом II. Желтый Особняк был отреставрирован во время правления султана Абдулазиза. Особняк Ахыр, расположенный в саду вблизи моста, предназначался для лошадей султана.

В этом дворце был заключен султан Абдульхамид, который находился здесь с момента свержения с престола до дня своей смерти в 1918 г. В период установления Турецкой Республики дворец использовался в качестве резиденции для приема гостей Ататюрка. Историческое здание, которое в настоящее время служит музеем, является одним из самых привлекательных достопримечателностей анатолийской части Стамбула.