Diese Kirche, die im Stadtteil Fatih, an der Küste der Goldener Horn zwischen der Strasse „Ayvansaray“ und der Strasse „Mürsel Paşa“ gebaut wurde, ist ein Werk der bulgarischen Minderheiten in der Ottomanen Zeit, die unter Einwirkung der nationalistischen Ströme, unabhängig von orthodoxen Metropolit ihre eigene Kirche haben wollten. 

Nach dem die Bulgaren im 19 Jahrhundert zum Bau einer Kirche eine staatliche Genehmigung erhalten haben, haben sie auf die gegenüber liegenden Seite der „Mürsel Paşa“ Strasse ein Priesterhaus, genannt „Metoh“ bauen lassen. Das Haus lebte in die Zeit hinaus bis Heute und nach einer Inschrift darauf ist das Bau im Jahr 1850 fertig erstellt. Nach Erstellung dieses Bauwerkes wurde in die gegenüberliegende Seite der Strasse eine Kirche aus Holz gebaut. Dann wurde auf dem gleichen Platz, nach dem diese Kirche abgerissen wurde, die heutige Kirche mit Stahlskeletten gebaut. Das Projekt des Bauwerkes wurde durch den Architekten Hovsep Aznavur, ein Armenier aus Istanbul, gezeichnet. Für die Anwendung des Projekts wurde dann ein internationaler Wettbewerb veranstaltet und die österreichsche Firma R.Ph.Wagner, die bei dem Wettbewerb erfolgreich war, baute das Bauwerk zuerst auf dem Fabrikgarten und die fehlenden Stücke wurden dort zusammengefügt. Über Donau und Schwarzmeer wurde das Bauwerk dann nach Istanbul transportiert, auf den heutigen Platz montiert und im Jahr 1898 mit Feierlichkeiten eröffnet.   

Stephan Kirche, die aus Stahl vorfabriziert ist, sieht wie ein Kreuz aus. Die seitlichen Kreuzarme des Bauwerkes sind jeweils drei Meter und der mittlerer Kreuzarm ist sechs Meter breit und bei dem architektonischen Stil des Gebäudes sind die Einwirkungen der neu gotischen und neu barockischen Art zu sehen. Auf den sechs Glocken in dem Glockenturm der Kirche ist es eingraviert, dass sie für die Sveti Stefan Kirche in Russland gegossen wurden.