Die Kleine Ayasofya Moschee befindet sich in Eminönü zwischen den Stadtkreisen Cankurtaran und Kadırga. Die wurde auf Anweisung des Byzantinischen Kaisers Justinianos als eine Kirche gebaut. Diese Kirche, die 530 gebaut und mit den Namen Sergios und Bakhos benannt wurde, ist dann nach der Eroberung Istanbuls in der Zeit von II. Bayezid durch den Darüssaade Herr Hüseyin Ağa zu einer Moschee umbauen lassen. Danach wurden um die Moschee kleine Gebetsräume und der Grabmal von Hüseyin Ağa angebaut.

Die Muschee mit der Mauer, die aus Stein und Ziegelsteinen besteht, ist auf einem quadratischen Plan mit Kuppel gebaut. 1648 und 1763 erlitt die Moschee Erdbeben und zerstört wurde aber 1831 renoviert. Auch die Eisenbahnbaulinie, die 1860 sehr nah gebaut wurde, zerstörte viel an dem Bau. Auch das Minarett der Moschee, die in einer Barock art gebaut wurde ist wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des 18.Jh. gebaut worden. Dieses Minarett ist dann 1936 wegen einem unbekannten Grund zerrissen und nachdem es eine lange Zeit so geblieben ist wurde das heutige Minarett 1955 neu gebaut worden. Der Marmor Brunnen im Hof wurde 1938 abgerissen.