Die Fethiye Moschee wurde zum Ende des 13. Jh. Auf Anweisung des Byzantiners Mihail Glabas Tarkaniotes in Fatih im Kreis Çarşamba zum Golden Horn hinaus als Kirche gebaut. Nach der Eroberung Istanbuls zog der orthodoxe Patriarchat 1455 in diese Kirche auf Anweisung des Fatih Sultan Mehmed und dann wurde das Gebäude 1595 als Andenken der  Eroberung von Georgien und Aserbaidschan zur Moschee umgestaltet in dem die Apsis abgerissen wurde und als Fethiye Moschee benannt. Die Moschee bekam somit einen Gewölbten inneren Raum, ein Minarett und eine Medresse dazu.

Die Fethiye Moschee wurde 1845 renoviert und zu beginn des 20. Jh. Wurde an stelle der Medresse eine Grundschule gebaut, die Aussenmauer wurde abgerissen und die Gesamtheit des Komplexes ging somit verloren. Ausserdem wurde die Moschee 1936-1938 wurde die Moschee die Stiftungsverwaltung komplett Restauriert und zu einem Museum gestaltet, demnach wurde es dann der Museumsverwaltung übertragen. 1960 wurde das Gebäude wieder zu einer Moschee umgebaut und der Anhang Friedhof wurde durch das Byzantinisches Institut restauriert und dabei wurden im Grab Schappell Mosaiken und Fresken gefunden.