Die Moschee wurde auf Anweisung des Kroaten Rüstem Pascha, der, der Ehemann der Mihrimah Sultan, der Tochter von Kanuni Sultan Süleyman war, im Jahr 1561 durch Mimar Sinan gebaut. Die Mosche ist von der schlichten Art von Sinan und auch von der Zeit ziemlich sehr weit weg. Der Grund dafür sind natürlich die Keramik Iznik Kacheln, die sehr dekorativ sind.

An dem Bergweg in Eminönü, der zur Uzun Çarşı an der Küste führ befindet sich das Gebäude mitten einer vollen Besiedlung. Die Moschee ist an die Stelle des Hacı Halil Gebetshaus auf eine Fläche von 40x40 Meter gebaut. Die Decke erhielt ihre Form mit der Hauptkuppel mit dem Durchmesser von 15.50 Metern und den Halbkuppeln die zwecks Unterstützung angesetzt sind.

Die Rüstem Pascha Moschee erhielt bei dem Brand 1660 einen grossen Schaden und bei dem Erbeben 1766 stürtzen das Minarett und die Kuppel ab. Nach der Renovierung in der Zeit von II. Mustafa, sah man, dass die Sinan Struktur des Minaretts und der Kuppel sich verändert haben.

So wie bei der Mihrimah Sultan Moschee befinden sich auch bei der Rüstem Pascha Moschee keine Inschriften. Der achteckige Brunnen der Moschee befindet sich auf einem Hof an der Strasse. Die hohen Mauern des Hofes machen eine Kolonnade.

Bei der Moschee, die auf die Silhouette der Halbinsel gesetzt wurde, sind Iznik Kacheln verwendet, die ein Interesse bei den Besuchern erwecken.